為了自源頭提升食品的安全，政府積極輔導、協助農民及產銷組織整合農產品在生產階段的安全管理及生產資訊，推動農產品溯源制度，藉由農業生產過程透明化的資訊，不但可加強生產者對產品的責任，也提供消費者所購買農產品的生產人、生產地等資訊，讓「安心」看得見，增加購買意願，直接鼓勵並支持在地生產的好農。

行政院農業委員會針對不同行銷通路需求，已積極推動各種農產品溯源制度，補強農產品溯源完整度、信賴度與可及度，包含：

1.    雞蛋溯源管理制度：市售散裝雞蛋必須在裝載容箱外箱，黏貼雞蛋溯源標籤貼紙，溯源標籤內容標有雞蛋的來源畜牧場名稱與二維條碼（ QR code ），消費者可即時透過手機掃描或至臺灣雞蛋溯源系統查詢系統網站，查詢雞蛋的來源畜牧場相關資訊 。

2.    農產品、水產品及牛肉生產追溯制度：生產者自願性申請帳號，利用政府建置之資訊系統上傳生產資訊，並於產品上黏貼溯源標簽，消費者只需掃描二維條碼，即可獲得來源及生產資訊。

另外，目前行政院農業委員會推動3項農產品自願性驗證制度，也具備溯源功能，包含：產銷履歷農產品驗證制度、有機農產品驗證制度（CAS Organic）、及優良農產品驗證制度（CAS），同時把關產品安全及品質，提供民眾優質農產品，也提升國內農產品價值，消費者只要認明驗證標章即可簡易辨識。