為保障因食品安全事件所產生的消費者權益，行政院於103年5月26日「強化食品安全治理機制」專案報告時，指示衛生福利部應盡速依食品安全衛生管理法，設立食品安全保護基金；104年3月25日毛院長主持「食品安全會報」時，亦特別討論「食品安全保護基金」一案，衛生福利部表示，104年度食品安全保護基金主要經費來源為新台幣4000萬元，由政府編列預算，另地方政府需依一定比率將裁處為反食安法罰緩提撥作為食安基金經費。 

       基金可用在消費者保護團體因食安事件提起消費訴訟、勞工因檢舉雇主而受到不利處分提起訴訟之律師報酬及訴訟相關費用，給予檢舉黑心雇主的員工保障之外，更重要的，也可以補助經公告的特定食品衛生安全事件，有關人體健康風險評估費用、促進食品安全之相關事務費用，藉此可以強化我國食品安全之基礎。衛生福利部依法訂定了食品安全保護基金補助辦法，明確規範了基金的補助對象、申請資格、審查程序、補助基準及查核事項等。

       依食品安全保護基金補助辦法所定的補助基準，律師報酬及訴訟相關費用，依補助對象及所涉有關消費者保護法規定等，每案訂有最高補助額度，例如依消費者保護法第50條提起損害賠償訴訟，以起訴時讓與損害賠償請求權的消費者人數，給予新台幣100萬元至300萬元補助；勞工因檢舉雇主違反食品安全衛生管理法規定的行為，經行政處分或刑事判決確定，其提起訴訟的相關費用，每案最高可補助新台幣20萬元；這些經費補助，對情況特殊有事證者，可以不受最高額度規定限制。 

       行政院已責成衛生福利部聘請各領域專家學者，以公平、公正、公開及嚴守利益迴避的原則，協助審查食品安全保護基金各補助用途之申請案件，落實食安基金之功能，並確保消費者之權益，促進我國食品安全之完善。