行政院人權及轉型正義處掌理事項如下：
一、人權保障及轉型正義政策、計畫、法案之規劃、研議、審查、研究發展。
二、國際人權規範研究及國際人權組織合作交流之推動。
三、人權指標、人權預算、人權影響評估機制之統合規劃及推動。
四、人權保障措施之推動、協調及業務督導。
五、國際人權公約、國家人權報告、人權教育之統合規劃及業務督導。
六、政治檔案開放、加害者識別與處置之協調及業務督導。
七、威權象徵處置、不義遺址保存、轉型正義教育之協調及業務督導。
八、平復司法不法與行政不法、被害者權利回復、政治暴力受難者與家屬創傷療癒之協調及業務督導。
九、促進轉型正義基金之協調及業務督導。
十、其他有關人權及轉型正義事項。