我國的轉型正義業務推動，現由行政院設「推動轉型正義會報」，由行政院院長擔任召集人，人權及轉型正義處作為幕僚單位，負責統合、協調及監督各部會落實各項工作。
依據《促進轉型正義條例》及《政治檔案條例》等法規，各部會主責之轉型正義業務分述如下：
1.法務部：辦理平復司法不法、行政不法，與識別及處置加害者事項。
2.內政部：辦理處置威權象徵、國家不法行為被害者權利回復事項。
3.文化部：辦理保存不義遺址、政治檔案研究事項。
4.衛生福利部：辦理政治受難者及其家屬之政治暴力創傷療癒與照顧事項。
5.教育部：辦理轉型正義教育事項。
6.國家發展委員會：辦理政治檔案之徵集、整理、保存與開放應用，以及促進轉型正義基金之收支、保管及運用事項。
此外，由獨立機關—不當黨產處理委員會，依《政黨及其附隨組織不當取得財產處理條例》負責不當黨產之調查、返還與收歸國有。
相關部會推動進度、成果與網站，請點選以下檔案與連結。