我國已建立完善的疫情監視系統及因應體系，惟受到全球化與國際化影響，疫病無遠弗屆。針對國內當前重要傳染疾病，如：流感、病毒性腸胃炎、腸病毒、MERS、登革熱及茲卡等，為降低疫情風險，確保民眾健康，我國持續積極推展下列各項防治策略：
一、 提升疫情監測系統效能，掌握國內外流行趨勢與病毒變化：
1. 透過法定傳染病通報系統，持續密切監測國內疫情流行趨勢與病毒型別，適時發布警訊。
2. 透過急診及健保資料監測就醫及住院趨勢。
3. 透過WHO、歐盟及各國政府網站/對口收集相關資訊，並即時查證相關疫情。
4. 即時監測媒體輿情。
二、 因應疫情，強化跨部會合作，並協助各地方政府執行疫情防治工作。
三、 擴增檢驗診斷量能，縮短傳染病隱藏期，及早啟動防疫作為。
四、 強化醫療體系，確保急、重症醫療照護品質及資源調度效率。
五、 加強邊境檢疫，落實入境旅客篩檢評估與健康監測：於各機場港埠進行入境發燒旅客之篩檢與評估，必要時採檢通報。
六、 爭取資源並使用多元創新策略，提升疫苗接種率。
七、 定期發布新聞稿、旅遊警示，並透過傳統媒體、新媒體社群（如：Facebook、Instagram、LINE@）及1922防疫專線等多元管道，加強風險溝通，提升民眾防疫知能。
八、 持續與國內外防疫機構合作，積極發展新防疫技術與策略，並配合新南向政策，加強區域合作與防疫技術輸出。
　 鑑於春節期間，民眾最易面臨流感與病毒性腸胃炎的威脅，除了密切監測疫情，於今年春節已規劃全國85家醫療機構，開設900診次類流感特別門診，服務有需求的民眾，並針對流感及病毒性腸胃炎疫情，可能造成之門、急診、或重症病人醫療需求，做好因應措施，讓民眾安心過好年。另為避免禽流感病毒造成禽傳人之疾病流行，衛福部亦將與農委會合作，密切監測禽場人員及防疫人員的健康情形，並做好風險管理。