針對國內當前重要急性傳染病，如：流行性腦脊髓膜炎、腸病毒、日本腦炎、登革熱及流感/禽流感等，我國已建立完善的疫情監視系統及因應體系，為降低疫情風險，維護國人健康，持續推展下列防治策略，並適時調整：
一、 強化疫情監測系統效能，掌握國內外疫情趨勢與病毒變化，適時發出警訊：
（一） 透過法定傳染病通報系統，密切監測國內疫情流行趨勢與病毒型別。例如嚴密監測因感染腸病毒之就診、重症病例及停課情形。
（二） 運用急診及健保資料，監測就醫及住院趨勢。
（三） 經由世界衛生組織(WHO)、歐盟及各國政府網站/對口，收集資訊，並迅速查證相關疫情。
（四） 監測媒體輿情。
二、 加強跨部會合作，並協助地方政府執行防疫工作，加強相關機構、場所衛生查核。
三、 提升檢驗診斷量能，縮短傳染病隱藏期，及早啟動防疫作為。
四、 強化醫療體系，提升急、重症醫療照護品質及資源調度效率，並督導落實院所感染管制措施。
五、 加強邊境檢疫，落實入境旅客篩檢評估與健康監測，必要時採檢通報。
六、 使用多元創新策略，提升疫苗接種率。
七、 適時發布新聞稿、旅遊警示，並運用傳統媒體與新媒體社群（如：Youtube、Facebook、Instagram、LINE@）及1922防疫專線等管道，加強風險溝通，提升防疫知能。
八、 持續與國內外防疫機構合作，發展新防疫技術與策略，並配合新南向政策加強區域合作。
目前已出現今(106)年首例登革熱本土病例，衛福部及環保署已協同地方政府加強相關防治工作，避免疫情擴大。另衛福部今年將持續提供600萬劑公費流感疫苗接種，相關部會共同協助推動擴增施打地點，並鼓勵國人踴躍接種。