農業部林業保育署自7月26日發現馬太鞍溪堰塞湖，即啟動應變小組辦理調查監測，研擬各項防減災方案，並邀請相關機關共同開會討論防災應變相關事宜。為廣徵專業意見，亦召開多次專家會議，研商各種工程方案之可行性，初步評估短期均不可行，中長期及非汛期仍須再評估。

樺加沙颱風期間，農業部林業保育署已依警戒機制發布黃色警戒、紅色警戒，通報地方政府及相關機關，啟動疏散避難及防災應變工作。依據9月24日無人機空拍影像，預估壩體下切80公尺，蓄水量降低為2,300萬噸，惟對下游仍有威脅。

將持續監控堰塞湖最新變化提出因應對策，並請專業團隊評估並儘速完成監測儀器安裝，以利堰塞湖蓄水量估算，據以啟動預警機制。後續亦將持續評估體減災工程，將於非汛期期間於河道開闢溪床便道至壩區，以供人員機具進入，辦理壩體降挖及穩固處理，以降低堰塞湖風險。