為落實「污染者付費」精神，本院環保署自104年5月1日開徵水污染防治費（下稱水污費），第一階段徵收對象為事業及工業區專用污水下水道。今(106)年1月1日開徵第二階段畜牧業水污費，並於7月1日開始申報繳費。第三階段徵收對象為家戶，原訂107年1月1日起徵收，惟考量徵收正當性及對家戶污染減量之侷限性，立法院吳玉琴委員等21人提案修正水污染防治法，並於106年10月23日一讀通過，刪除徵收家戶水污費等相關文字。
環保署表示，水污費計費採水質水量計算進行申報，並給予排放水質濃度優惠折扣，亦即排放水質濃度越低，濃度優惠折扣越高，以及為減輕產業衝擊，費額逐年折扣，今年度為7折。為使徵收作業順利，環保署積極加強宣傳、提供多元輔導管道及簡化申報方式，辦理宣傳說明會及設立諮詢窗口，讓業者充分瞭解水污費申報方式，並特別委託中華民國養豬協會，於該協會所屬16分會成立服務專區，輔導不諳電腦操作之業者，可至鄰近協會由專人協助申報水污費，使徵收作業更加順遂。
水污費自104年5月1日開徵迄今共完成5期徵收，透過前述各項作為，各期申報繳費率均可達99%以上。今(106)年徵收首期畜牧業，徵收金額約5,200萬元，加計事業及工業區污水下水道系統後，上半年徵收金額約2億元，全年預估可達4億元。推估至109年時（無年度折扣），每年徵收之水污費約為5.7億元；40%分配中央（約2.3億元），60%分配地方（約3.4億元）。分配中央之水污費將用於補助地方推動各項水污染防治工作，如加強稽查管制、水質採樣檢測、執行沼液沼渣作為農地肥分使用，提升水體環境品質。
環保署表示，未來將持續滾動檢討徵收項目及費率，進一步強化徵收制度及基金運用。水污費徵收費額雖不高，惟對於財政困難的縣市，水污費可挹注其作為公共建設之配合款，或補其經常門經費之不足，對地方甚有助益。徵收之水污費將專款專用於水污染防治工作，搭配公共建設及前瞻水環境計畫經費，結合相關部會資源，共同投入水體環境改善工作，提升民眾生活品質。