為緊急因應SARS防治工作經費需求，行政院主計處在立法院通過特別預算之前，決定先由財政部國庫署撥出37億元，供衛生署等部會緊急因應防疫工作使用，相關分配表列如下：
機關名稱 金額（億）

合計 37.00

衛生署 23.81

交通部 5.10

經濟部 1.12

內政部 2.14

文建會 0.49

退輔會 1.48

勞委會 1.49

環保署 1.37