行政院長毛治國今（12）日在行政院會聽取臺南市登革熱防疫情形報告後表示，政府於9月15日成立中央流行疫情指揮中心，並與臺南市府相關同仁、市民連續展開孳清工作，也動員國防部弟兄、環保署同仁連續發動六波孳清工作。臺南市疫情從最高每日七百多病例數逐漸下降，目前正逐漸收尾，希望臺南市疫情可儘快告一段落。

毛院長指出，臺南市疫情控制工作分為兩方面，首先前線工作靠環保署策略規劃來執行，如防火牆設計、室內外共同孳清等，國軍及地方同仁也配合動員進行孳生源清理工作；第二線工作則是衛福部在相關醫療系統中對於病患做篩選及處理，也感謝臺南市的合作。

毛院長進一步表示，對於孳生源清理加網覆蓋，臺南市做得很徹底，請衛福部蔣丙煌部長近期召開研討會，彙整今年成果，協助高雄市控制疫情。

毛院長指出，天氣轉涼後疫情將自然收斂，希望相關部會能根據今年經驗，與第一線同仁、學者專家及國際人士共同討論並歸納登革熱疫情防治經驗，檢討防疫工作，於明年年初開始啟動相關預防工作，並更有系統地完善防疫作為，也請衛福部同仁對於流行病相關研究多累積經驗，如發展疫苗等，以降低未來登革熱病例數。

目前臺南市每日登革熱病例數已超過一周低於50例，整體情形相當理想，賴清德市長感謝行政院的支持；同時對於張善政副院長督導相關業務、衛福部協助解決醫療資源、疾管署相關人員長期進駐臺南、環保署發動孳清工作、國軍第八軍團出動數萬人次協助清除孳生源等，賴市長表達感謝之意。