為協助0206震災災後重建與復原，行政院長張善政指示由政務委員蕭家淇擔任「0206震災重建協調小組」副召集人。蕭政委今（16）日召開會議後表示，因臺南市重建與復原非常急迫，張院長特別指示先撥款5億元予臺南市政府進行重建工作，當務之急是協助地方政府迅速展開重建。

蕭政委指出，重建工作要立即開始，復原工作需兼顧時效性，經各部會盤點目前相關震災法令尚足夠運用；另外，在盤點中央經費與地方縣市的災害準備金後，經費也應該足夠。

蕭政委進一步指出，臺南市與高雄市政府在會中報告災損情形，高雄市政府所提包括橋梁、建築物、學校及古蹟災損約4億多元，請高雄市政府循災害補助程序報院。至於臺南市政府災損部分，因救援剛告一段落，正開始啟動各項災損盤點，所需經費仍在估算中。

行政院發言人孫立群表示，此次會議決議0206震災相關補助及救助部分，至少比照921震災標準。針對會中臺南市政府提及此次災損大，尚無法提出完整評估，且相關經費不足，張院長也特別指示在臺南市政府依行政程序申請適當經費前，中央先撥經費予臺南市政府應急。

行政院主計總處表示，此次震災可運用的經費來源包括地方災害準備金、賑災基金會、中央特別統籌分配稅款及民眾捐款。

內政部也指出，重建相關的安置、就學、就醫、就業、心理輔導、受損建物（包括住宅、學校廳舍、公共建築物及古蹟、歷史建築等）、水電等民生設施修復及產業重建等，均有相關規定，可據此辦理。