新的行政院組織架構將自101年1月1日開始啟動，其中行政院院本部及法務部、文化部、金融監督管理委員會、客家委員會、中央銀行、國立故宮博物院及中央選舉委員會等7個機關及其所屬，將於101年1月1日起陸續上路，其餘部會則將於法制完備並籌備周妥後再陸續穩健上路。

行政院組織改造推動小組表示行政院組織法於99年2月3日修正公布，將新設29個部會並明定自101年1月1日開始施行，考量立法院在第7屆第7會期結束時僅完成部分組織法案之立法，行政院在兼顧法制完備性、施政穩健度及堅實組改配套作業等因素下，若新部會組織法已完成立法且籌備情形已周延者，將按既定期程於101年1月1日起陸續啟動上路，至於未完成法制作業且需時準備者則於籌備妥當後陸續啟動。此外，行政院主計處在考量101年度預算編列及調整支應之複雜度後，也將採新原機關並列方式處理，因此，行政院院本部及法務部等7個機關及其所屬將於101年1月1日起陸續啟動，以便組改作業能在「以人民優先」及「無縫接軌」之原則下穩健推動。

進一步言，金管會及文化部暨其所屬雖已完成立法，但金管會專任委員任期至101年6月30日，為利新舊制度銜接，規劃於101年7月1日施行；至於文化部所連動影響之新聞局（廣電、出版、電影業務）、教育部（所屬4個館所）及研考會（政府出版品業務）等原機關，因其新機關組織法案尚未完成立法，且立法院附帶決議建議審慎考量因立法委員及總統合併選舉後，因101年2月1日及5月20日有關立委及總統就任後之內閣總辭及其任命之問題，同時，為確保受連動影響機關之施政完整性，且考量為民服務機制之穩定性，因此規劃於101年5月20日啟動。其餘行政院院本部及法務部、客家委員會、中央銀行、國立故宮博物院及中央選舉委員會等5個機關及其所屬，則於101年1月1日施行。

立法院第7屆第8會期預定100年9月16日開議，而目前尚未完成立法的組改法案計有110餘項，行政院仍將積極協調立法院完成各項新機關組織法案的立法作業。此外，考量法制化期程仍有高度不確定性，同時按行政院新設機關往例，自組織法經總統公布至施行期間至少需4至8個月以上，以近年之教育部所屬國家教育研究院、法務部矯正署及廉政署皆是如此。屆時，行政院將配合立法進程及參照過往籌設新機關之作業時程，陸續於101年1月1日以後啟動其他的新部會。