行政院長吳敦義今(2)日出席行政院原子能委員會55週年會慶慶祝大會，期許原能會未來應全力監督管控核四廠的興建，確保核四廠在安全無虞的情況下順利運轉，投入國家生產和經濟發展的行列，並應努力發展核能在醫療等方面的和平用途，妥適解決核廢料問題，同時做好社區關照及溝通的工作，以兼顧經濟發展及環境保護。

吳院長表示，現在是強調節能減碳的時代，只要管制得好，確保安全無虞，核能是一種相對乾淨的能源，因此美國在停頓30年後，也重新啟用核能發電，其他先進國家的核能發電的比例也相當高，只要注意安全，讓民眾了解核電安全，民眾就不會因為害怕而反對核電。

吳院長指出，雖然原能會即將併入科技部，不過核能是非常重要的科技領域，未來政府和全民將會更關注核能的安全利用和管制，核能科技將會更受重視，不會因組織裁併而被忽略。

針對會後媒體詢問大陸外交部反對台灣與其他國家簽訂FTA，政府有何因應方案，院長表示，台灣是WTO會員，經貿是國家非常重要的生命線，台灣有權與全世界和我們有經貿往來的國家簽訂對雙方經濟發展、人民福祉有幫助的任何協定或協議，這是台灣求生存發展非常重要的方向。吳院長指出，馬總統的經濟發展策略是「壯大台灣、連結亞太、布局全球」，政府一定會朝「以台灣為主，對人民有利」的目標努力，不會因為中國大陸的意見而有所停頓，也不會受任何影響。

院長接著回應台聯黨主席黃昆輝有關大陸施壓要求臺灣否決ECFA公投的說法，他表示，行政院一向尊重公投審議委員會的決議，公投審議委員會由學者專家組成，會以客觀公正的立場做決定，行政院不會作任何干預。院長也再次強調，政府不會反對合憲、合法且對國民公益有幫助的公投，他強調，複決的意思應該是政府或立法部門做出的決定，不符合一部分國民的想法時，再由這些人提出複決案，現在ECFA還沒簽，內容也尚未確定，如要花好幾億人民血汗錢進行假命題、矛盾、詭異且不合常理的公投，對台灣民主是否會造成重大傷害，對國民公益是否有幫助，值得國人深思。

至於我會不會要求把台灣加入國際社會明文列入ECFA文本，吳院長回應說，ECFA是經濟協議，如果台灣要求加入政治命題，對方也會做同樣的要求，如此將會造成很大爭議。他強調，擱置爭議是兩岸關係發展非常重要的原則，兩岸應該擱置爭議，共創雙贏。

針對媒體質疑台中市長向黑道宣戰，卻又擔任黑道角頭治喪委員會副主委，吳院長說，市長擔任治喪副主委對公眾人物是難以避免的事情，重要的是如何做好治安工作，政府一定會盡全力協助台中市改善治安。