針對臺南縣長蘇煥智指稱莫拉克颱風災後復建工程中央核定速度遲緩，以及吳揆自9月迄今延宕兩個月乙事，行政院特別澄清表示，為加速執行災後重建工程，行政院前曾訂頒「莫拉克颱風災後重建工程審議作業要點」，對於各項復建工程的經費審查，毋須再由工程會審議，直接由中央主管機關逕予核定，縮短行政流程，中央全力推動復建工作，經重建會清查在會勘、審議及核定工程預算上絕無遲緩，更無延宕兩個月之情事。
行政院指出，復建工程攸關民眾福祉，不論民間或政府、中央或地方，都應竭盡心力辦理各項搶災搶險、居民安置、社會救助、災後復建等重建工作，盼齊心齊力，攜手合作，儘速完成災後重建工作。