針對行政院前秘書長林益世表示，他本人即可決定政府相關人事案、可掌管國庫印章及行政院只有二顆印章等情，行政院澄清說明如下。

首先、依規定行政院所屬各機關政務人員、常務副首長及所屬一級機關職務列「簡任第12職等」以上首長、國營事業機構董事長、總經理或相當職務、政府捐助之財團法人、政府投資之民營事業機構負責人、經理人等，是由各主管機關就符合相關資格條件人選提出建議以首長名義簽請行政院秘書長轉陳副院長、院長核可。所以，秘書長職權僅係轉陳，決定政府重要人事是院長職權，絕無秘書長即可批核之情事。

其次、林前秘書長所指國庫印章，只是行政院院本部執行預算的印鑑章。行政院院本部支用經費，必須經過完整的內部審核程序，再分別由秘書長、會計長在付款憑單上核章，再送財政部地區支付處辦理支付，並非秘書長一人就能核章決定。另外，林前秘書長所說行政院只有二顆印章，是因為目前行政院對外發文時有兩種方式，其一為行政院函，另一為秘書長函，依「印信條例」及「公文程式條例規定」，是分別由行政院長或秘書長署名，所以林前秘書長所指二顆印章應該是指公文發文的職銜簽字章，且均由行政院秘書處文書科保管。