行政院食品安全會報於100年6月17日召開第3次會議，由行政院陳副院長冲召集，邀集食品衛生界學者專家、民間機構團體代表（包括消基會、主婦聯盟、環境保護基金會、食品工業發展研究所、臺灣食品科學技術學會、營養師公會全國聯合會、全國工業總會等）及各相關部會首長，就近日塑化劑引發食品污染風暴、食品履歷及認證、讓國人安心策略等進行廣泛討論。陳副院長表示，面對塑化劑風暴，行政院於5月19日接獲通報時，當日即召開危機處理會議，以「誠懇面對、控制損害、痛定思痛、重建聲譽」，快速清查產品、追查源頭並依法嚴辦。

從此事件之經驗，陳副院長於本次會議中特別指示，成立「落實產地源頭管理工作小組」由農委會主任委員及臺灣大學陳保基教授共同召集，除農委會、環保署及衛生署等權責機關外，將海巡署、財政部、原能會納入小組機關，另成立「加強食品產銷鏈之監測把關工作小組」，由朱敬一政務委員主持，含衛生署及經濟部等相關機關，2個工作小組每個月密集研商及規劃執行措施，以加強食品安全之把關工作。

衛生署邱署長就塑化劑污染食品事件之原委及政府處理過程、作為及相關採行措施，進行詳細報告，表示未來除繼續完成食品含塑化劑之查驗工作外，將強化市場及邊境監測、比照先進國家模式，研擬我國民眾每日塑化劑安全耐受量，並於100年6月21日及22日召開全國食品安全會議，召開「全國食品安全會議」，邀請250位學者專家、產業界、消保團體、公協會對塑化劑事件及食品安全進行總檢討及強化「食品添加物管理」與「食品製造業管理」，研議改革策略，並將檢討我國食品添加物現有法規與國際接軌，增列食品添加物工廠設廠標準，檢討包裝食品之食品添加物標示規定，規劃食品添加物製造業者實施HACCP等議題。

另本次會議並針對目前整合我國食品履歷追溯系統之執行現況，包括實際整合時面臨資料登錄及決定整合範圍等關鍵性問題進行討論，陳副院長也要求經濟部彙整委員意見，相關部會在朱政務委員統整下，邀請原提案委員臺灣大學食品科技研究所孫璐西教授共同參與，儘速研商推動整合方案，針對高風險、高價值產品，優先推動食品安全履歷制度，提供透明化之食品安全資訊，提高消費安全信任感及認同感。

陳副院長代表政府感謝委員們肯定政府處理此次塑化劑污染食品事件的相關作為，委員諸多寶貴建議將成為政府推動相關食品安全管理的後源動力。