為實施噸位稅制，行政院院會今（19）日通過財政部擬具「所得稅法」部分條文修正草案，增訂自明（99）年度起，營利事業經營海運業務之收入，得選擇以船舶淨噸位推計所得課稅之規定，草案將送請立法院審議。

行政院長吳敦義表示，財政部參據行政院賦稅改革委員會「實施噸位稅之研究」及「所得稅反避稅制度之研究」等研究議題之結論，並配合司法院大法官解釋、商業會計法等規定，研擬所得稅法部分條文修正草案，有助我國海運事業之發展，亦順應國際間防杜避稅之潮流，改進我國稅制，維護租稅公平，符合政府賦稅改革之目標，並切合稽徵實務作業需要，請財政部積極與立法院各黨團協調溝通，尋求共識，以儘速完成立法程序。

財政部表示，本案修正要點如下：
（一）增訂期貨信託基金適用基金信託利益之課稅規定。
（二）配合司法院釋字第657號解釋意旨，增訂營利事業帳載應付未付之帳款、費用、損失及其他各項債務，逾請求權時效尚未給付之課稅規定。
（三）順應國際間實施噸位稅之趨勢，增訂自99年度起，營利事業經營海運業務之收入，得選擇以船舶淨噸位推計所得課稅；選擇適用噸位稅之營利事業，一經選定，應連續適用10年，並不得適用本法有關虧損扣除及其他法律關於租稅減免規定。
（四）參考國際間反自有資本稀釋課稅制度，增訂銀行、信用合作社、金融控股公司、票券金融公司、保險公司及證券商以外之營利事業對關係人之負債，如有超過負債與業主權益比率者，其超過部分之利息支出，不得列為費用或損失。
（五）修正商品存貨之估價得以成本與淨變現價值孰低法辦理，縮短財務會計與稅務法令之差異。
（六）配合營利事業所得稅稅率自99年度起由25%調降為20%，修訂營利事業分配盈餘之稅額扣抵比率上限。
（七）增訂綜合所得稅結算申報案件經查核結果符合一定情形者，稽徵機關得以公告方式通知納稅義務人，免個別寄發核定稅額通知書。
（八）修正營利事業未依限按實填報或填發股利憑單之處罰規定，賦予稽徵機關得按個案違章情形調整罰度。