中央災害應變中心指揮官江宜樺今（3）日表示，中央氣象局已於上午5:30發佈芭瑪颱風海上警報，中央災害應變中心於8:30二級開設因應防災救災工作，由於颱風影響台灣地區的時間預估將長達4至6天，呼籲民眾加強防颱措施，並避免前往海邊觀浪或進行水上活動，同時避免前往山區，而已經在山區活動的山友，則應儘快下山或準備就地避難。
中央氣象局指出，芭瑪颱風目前行進方向為西北轉北北西，由於速度緩慢，預估10月8日仍在巴士海峽，中心距離恆春約500公里，在巴士海峽及東南海面作業船隻應嚴加防範，預測雨量約400-1000公厘，北部山區可達1400公厘，因為颱風的路俓、速度與跟台彎的距離都會影響雨量，民眾應嚴加防範。

防災科技中心表示，預估芭瑪颱風影響台灣的時間將長達4至6天，且適逢農曆15日大潮，沿海低窪地區應嚴防海水倒灌。防災科技中心指出，北部山坡地降雨量大，民眾應防土石流及道路坍方，並備妥飲水、食物及民生物資，此外莫拉克颱風災區脆弱，應慎防二次災害，部分地區建議進行預防性撤離，同時經加強監測堰塞湖並撤離下游地區民眾。

國防部表示，國軍已全面管制休假，並進行人力與機具部署，共計3萬4,000人、抽水機278具、直升機45架、中艇膠舟112艘完成預置，同時編列第一應變隊與第二應變隊。為因應通訊中斷造成災區孤島效應，國軍已派遣特戰隊進入山區，進行防災協調與緊急救援，共17組102人；同時國軍已規劃營區收容受災鄉親，北、中、南區共可收容4萬1千多人。