行政院長吳敦義今(3)日於行政院會聽取經濟部「全國各地區水情及因應措施」報告後表示，南部地區目前水情不樂觀，且水庫蓄水量及高屏溪河川流量均較歷年平均為低，恐有缺水之虞；再者，根據中央氣象局評估，未來一季雨量屬正常偏少，因此政府會未雨綢繆提出預警及應變，並研訂相關因應措施，以減少民怨，同時降低乾旱時所造成之損失。
吳院長說，台灣在最近幾年，一到雨季就淹水，乾季就缺水，與民眾最相關的自來用水及灌溉用水在調配時間上確實有待改進；為確保明年汛期前所有民生及工業用水供應平順，請相關權責機關依據朱副院長昨(2)日針對用水因應措施會議結論辦理。該會議結論如下：
一、各地區水情要充分掌握，務必確保到明年汛期前，所有民生及工業用水不受到嚴重影響。
二、為未雨綢繆，請經濟部水利署及相關單位密切監測，每個月至少召開1至2次會議檢討因應對策。
三、為避免影響農民權益，如有需要調度灌溉用水，中部及南部地區應在12月中旬前，北部地區應在99年1月中旬前，確認第一期稻作是否正常供灌，或須改種其他旱作作物，相關補償也應同時確定並應加以公告，讓農民周知，避免造成農民困擾，且避免採取坪割方式辦理。
四、請台灣自來水公司立刻清查及恢復南部地區現有抽水井取水功能，隨時提供備用水源。
五、請相關權責單位加強宣導，並呼籲全民共同節約用水。
吳院長特別表示，如有必要將再請朱副院長召開會議研議進一步因應對策，以確保明年汛期前用水供應平順。