行政院長吳敦義今(12)日在行政院會聽取農委會「0427阿里山森林鐵路事故善後處理情形」報告後表示，阿里山是國際知名的旅遊景點，阿里山森林鐵路更是臺灣珍貴的文化資產，必須永續動態保存。他並指示農委會與交通部，儘速研商未來森林鐵路最適當的營運主體及方式。

吳院長說，這次事故雖初步判斷為自然現象，且無超載或人為操作疏失，但仍應警惕天然災害的無常，農委會應依阿里山森林鐵路總體檢團隊的體檢報告，提高安全檢查標準，進行各項改善事宜，務必確保安全無虞始得恢復營運。

吳院長指出，這次事故在農委會、內政部、國防部、交通部、衛生署、陸委會、嘉義縣市政府及民間救災單位等通力合作下，及時搶救，展現高效率的危機處理；農委會於事故後立即編組「一人一戶」服務團，妥適處理罹難及受傷者家屬撫慰及善後事宜，均處置得宜。他並請農委會持續與家屬溝通協調，儘速完成善後相關工作。

吳院長接著指示，阿里山森林鐵路林木巡視範圍不能只有5公尺，應擴大至有可能危及鐵軌鐵路安全的範圍。他指出，有些樹木外表上看起來非常茂密，但內部已被掏空，隨時可能有倒塌的危險，因此未來巡查時不應只看外表，應建立更嚴謹的標準作業程序，設法排除可能危及安全的因素，防範未然。

基於阿里山森林鐵路為國寶級設施，吳院長指示交通部和農委會應妥善研議並籌措經費，一定要有決心確保阿里山鐵路在安全無慮的情況下永續經營。

吳院長也特別對這次事故中投入救災的人員表達感謝之意，並要求相關部會針對人民可能通行的可能路線或觀光旅遊設施進行全面檢查，一定要避免不幸事件再度發生。