行政院院會今（9）日通過交通部提出「自由貿易港區設置管理條例」修正草案，法案經立法院通過後，預期將可增加營運利基與租稅誘因，吸引大型國際港埠物流跨國企業進駐，帶動區域產業及經濟繁榮，並發揮對海空港營運績效的提昇，以及國家整體經貿發展相輔相成的加乘效果。

行政院長劉兆玄表示，自由貿易港區是行政院重要政策，推動工作屬於跨部會協調，行政院要解決問題、要回應人民的需求時，必須透過各部會的協調與合作，各部會首長要屏除本位主義，將政策落實貫徹到執行單位，推動政務要以解決問題導向作為目標。

劉院長指示，請交通部會同行政院經濟建設委員會、行政院原住民委員會及財政部與立法院各黨團溝通說明，使本案能順利完成立法。
交通部表示，為因應全球運籌發展趨勢及兩岸直航的契機，並發揮臺灣區域地緣優勢，提昇國家經貿發展競爭力，行政院將發展「自由貿易港區」列為重要政策項目之一。

交通部表示，本草案修訂重點包括，修正降低原住民雇用比率，並增訂相關獎勵措施；明定自由港區事業運往國外的貨物，除所列需經目的主管機關核准的物品項目外，不受其他有關輸出規定的限制；又為落實自由港區低度行政管制及高度自主管理原則，放寬自由港區事業辦理存貨盤點的規定；另自由港區事業運往國外或保稅區的貨物，及課稅區或保稅區運入自由港區的貨物，依貿易法規定，均免收推廣貿易服務費。

至於自由港區事業自課稅區運入供營運的貨物及自用機器、設備，視同出口，其運入的貨物，可申請減徵、免徵或退還相關稅捐等；另明定受託課稅區廠商所添加進口原料，除有所定情形者外，得申請退還關稅及貨物稅，且其所提供的勞務收入，於符合所定條件時，其營業稅稅率為零；另明定課稅區、保稅區與自由港區間所需交易貨物或勞務的營業稅稅率為零。

交通部指出，本草案明定外國營利事業或其在中華民國境內設立的分公司，自行申設或委託自由港區事業於自由港區內從事貨物儲存與簡易加工，並將該外國營利事業的貨物售與國內、外客戶者，其所得免徵營利事業所得稅，但當年度與國內客戶的貨物，超過其當年度售與國內、外客戶銷售總額10％者，其超過部分不予免徵。