針對行政院提告太陽花學運人士在103年3月23日夜間至3月24日凌晨進入行政院一案，行政院長林全於5月20日批出上任後第二份公文做出裁示，行政院將對126名被告撤回告訴乃論的刑事告訴。林院長強調，太陽花學運是政治事件並非單純法律事件，應該在多一點和諧、少一點衝突的原則下儘量從寬處理，故決定撤回告訴。

林院長表示，行政院當年對學生提出刑事告訴係具有政治考量，但現今太陽花學運的訴求已普遍成為社會共識，立法院也依據該訴求針對兩岸協議監督條例進行立法，突顯出太陽花學運的正當性與社會貢獻。因此，此政治事件不該只單純用法律問題來看待，決定撤回刑事告訴。