除推動中醫人才培育及優化臨床訓練品質外，並提供中西醫整合及多元之中醫醫療照護服務；加強中藥材與中藥製劑之安全與品質管理，對於中藥的製造與販售，建立相關品質查核規範、實施中藥廠GMP制度，至112年計有79家GMP中藥廠。為與國際藥政管理制度協和，107年9月20日公告《中藥優良製造確效作業基準》，針對生產濃縮製劑之中藥廠，已自109年1月1日起分四階段實施，截至112年計有8家中藥廠通過確效作業查核，提升中藥品質管理，符合國際市場之要求。110年9月13日公告《臺灣中藥典》第四版，自111年6月1日實施，正文共收載394個品項，新增3個中藥材、30個中藥材飲片及7個中藥製劑，健全中藥品質管制規格，提升製藥產品之品質與促進產業發展。

為加強源頭管理，自101年起實施中藥材邊境查驗制度，凡輸入經公告應施查驗之中藥材，報驗義務人須檢附檢驗證明文件，經查驗合格才能輸入，以阻絕不安全中藥材於境外，至112年紅棗、黃耆等21項中藥材執行邊境查驗；亦執行市售中藥（材）抽驗，保障民眾中藥用藥安全。又為提升中藥（材）品質，公告實施中藥材含異常物質包括：二氧化硫、黃麴毒素、重金屬及殘留農藥之限量基準；112年4月25日公告修正「禁止自世界動物衛生組織公布之鹿慢性消耗病發生國家輸入中藥材鹿茸（角）、鹿鞭及鹿角膠」，持續控管輸入中藥材品質。

《中醫藥發展法》於108年12月31日公布實施，確立國家中醫藥發展之基本原則。為落實推動其法定業務， 109年11月發布《上市中藥監測辦法》及《中醫藥發展獎勵或補助辦法》，110年10月發布《承租公有或國營事業土地種植中藥藥用植物獎勵及租賃期限保障辦法》。為促進中醫藥發展，自109年起推動「中醫優質發展計畫」，以健全中醫醫療及照護體系，並自111年5月起推動「中醫藥振興計畫」，以強化中藥產業發展，提升國際競爭力。