為確保食品藥物安全及為大眾提供相關事務單一服務窗口，我國於99年成立行政院衛生署食品藥物管理局，於102年7月23日改制為衛生福利部食品藥物管理署（下稱食藥署），並於全國各港口及機場入境處派駐人員執行邊境查驗，負責確保人用藥物、疫苗及其他生物藥品、醫療器材、食品及化粧品的品質、安全與有效性。
推動「食安心-卓越深耕管理計畫」（114-117年），導入AI技術，精進食安五環政策。
食安管理
隨著食品貿易全球化、科技蓬勃發展、新穎食品不斷推陳出新，以及科技所帶來之化學物質對環境之衝擊，導致食品衛生安全問題日趨複雜，103年全面修正《食品衛生管理法》管理內容及更名《食品安全衛生管理法》，並據以逐步推動我國食品管理之變革。近年修正重點涵蓋成立跨部會之食品安全會報、強化食品業者管理及提高罰則刑度等，並推動五環2.0食安政策，提升食品安全管理效能，保障國人健康及消費權益。
落實食品安全管理措施
法規標準國際調和
截至114年6月，已累計檢討或增修訂《農藥殘留容許量標準》共403種農藥、8,033項殘留容許量；《動物用藥殘留標準》共151種動物用藥、1,551項殘留容許量；已訂定17項衛生標準、78項食品原料使用限制及正面表列804種食品添加物，並分別訂有使用範圍、限量及規格。
完善食品產業管理
食品業者全登錄
掌握食品業者動態，推動食品業者全登錄，截至114年6月，已超過69萬家次食品業者完成登錄。
建立自主管理系統
資本額達3千萬元以上之食品工廠已全面訂定食品安全監測計畫、辦理強制性檢驗、建立追溯追蹤管理制度。
導入專門職業人員
導入食品技師等專門職業人員，專才專用負責食品製造業之食品安全管制系統、追溯追蹤系統、衛生安全事件緊急應變措施、原材料衛生安全、品質管制、風險評估管控、教育訓練等事項，強化業者生產管理內涵及自律能力，截至114年6月，已有15類925家次以上業者實施。
加重惡意黑心廠商責任
114年截至6月，各項稽查專案及例行性監測計畫，裁處違規業者共538.6萬元；一般稽查案件及會同檢警調稽查案件，共計20案，查有違規者均依法處辦。
強化邊境管制措施
加強查驗
持續辦理例行性稽查抽驗，地方政府依地方特色擬定稽查項目，114年截至6月，《食品良好衛生準則》（GHP）稽查11萬3,535家次，品質抽驗4萬1,067件，其中市售國產食品抽驗合格率86.5％，另市售進口食品抽驗合格率80.2％。
邊境輻射檢測
自100年3月15日-114年6月，日本食品報驗221萬7,183批，檢驗輻射計26萬1,062批，檢驗結果均符合規定。
美豬、美牛邊境查驗
豬肉及可食部位：完成檢驗、檢疫及關務等程序並出關，114年截至6月，豬肉3,064批，淨重6萬1,305公噸，豬肝、豬腎及豬其他可食部位959批，淨重1萬8,552公噸，萊克多巴胺檢驗均符合規定。
牛肉（含雜碎）：114年截至6月受理報驗1萬2,282批，檢驗595批，檢驗結果均符合規定。
應用大數據強化邊境管理效能
為提升邊境食品安全管理，運用食品巨量資料庫及跨部會資料，結合資料探勘技術及多元演算法分析輔助邊境食品抽驗機制，截至114年6月，有效提高抽驗不合格比率達1.16倍。
藥品、醫療器材及化粧品安全管理
為保障全民用藥及使用醫療器材之安全與健康，藥品上市前，須向中央衛生主管機關申請查驗登記，經評估藥品安全性、有效性及品質無虞後，始核准發予藥品許可證，讓藥品上市流通、廠商製造或輸入，上市後進行藥品安全性品質監控、評估及風險管控，嚴格把關新藥之品質、安全與有效性；醫療器材管理部分，積極推動各項改革措施，構築合理化與透明化的審查與管理法規環境，並加強生產流程之稽查與輔導，以及上市後安全監視、危害事件調查等業務。
推動藥品優良製造規範（GMP）
截至114年7月，取得GMP核備的國產西藥廠包括西藥製劑廠144家、物流廠30家、醫用氣體廠31家、原料藥廠28家（共329品項）及先導工廠11家；另有974家輸入藥品國外製造工廠通過PIC/S GMP檢查。繼藥廠PIC/S GMP制度推動後，逐步推動西藥優良運銷規範（GDP），截至114年7月，取得GDP核備之藥廠及藥商共1,448家，確保藥品儲存與運輸時維持品質及完整性；醫療器材QMS/QSD製造許可共7,543件，國內製造廠1,175件、國外製造廠6,368件。
強化上市後藥品管理
114年截至6月，完成18件新藥上市後五年安全性再評估，有22項藥品要求廠商執行風險管控措施；接獲537件疑似品質瑕疵事件通報，其中8項藥品經評估啟動回收（包含廠商主動通報）；主動監控611則國外藥品品質警訊，並摘譯張貼26件相關警訊公布於食藥署網站「通報及安全監視專區」。
強化上市後醫療器材管理
114年截至6月，接收醫療器材不良反應通報274件及產品問題通報2,230件，皆依相關標準作業流程進行調查、風險評估，並為適當處置；主動監視及接獲國內外醫療器材安全警訊731則，經評估已摘譯公告239則於網站，提供各界參考。
加強管制藥品流向查核
114年截至6月，實地稽核7,279家次，違規者計133家次（1.8％）；辦理藥物濫用通報，114年1月-5月，醫療院所計通報5,047件，較113年同期之5,388件，減少6.3％。