為確保食品藥物安全及為大眾提供相關事務單一服務窗口，我國於99年成立行政院衛生署食品藥物管理局（102年7月23日改制為衛生福利部食品藥物管理署，下稱食藥署），並於全國各港口及機場入境處派駐人員執行邊境查驗。負責確保人類藥物、疫苗及其他生物藥品、醫療器材、食品、輔助食品及化粧品的品質安全與有效性。
推動食安五環，提升食品安全管理效能，保障國人健康及消費權益。
食安管理
隨著食品貿易全球化、科技蓬勃發展、新穎食品不斷推陳出新，以及科技所帶來之化學物質對環境之衝擊，導致食品衛生安全問題日趨複雜，103年全面修正《食品衛生管理法》管理內容及更名《食品安全衛生管理法》，並據以逐步推動我國食品管理之變革。近年修正重點涵蓋成立跨部會之食品安全會報、強化食品業者管理及提高罰則刑度等，並已陸續推動食安五環，提升食品安全管理效能，保障國人健康及消費權益。
第一環：源頭控管
法規標準國際調和
截至112年已累計檢討或增修訂《農藥殘留容許量標準》共398種農藥、7,771項殘留容許量；《動物用藥殘留標準》共151種動物用藥、1,551項殘留容許量；以及正面表列797種食品添加物，並分別訂有使用範圍、限量及規格。
運用大數據強化邊境管理效能
為提升邊境食品安全管理，運用食品巨量資料庫及跨部會資料，結合資料探勘技術及多元演算法輔助邊境食品抽驗機制，截至112年有效提高抽驗不合格比率達1.17倍。
第二環：重建生產管理
食品業者全登錄
截至112年約64萬家次食品業者於食品藥物業者登錄平臺完成登錄。
強化業者自主管理
對大宗物資或消費者關切之食品業者關鍵業別，擴大納管實施，分階段要求指定規模食品業者應訂定食品安全監測計畫、辦理強制性檢驗及建立追溯追蹤管理系統，其中資本額達3千萬元以上之食品工廠已全類別納管。
驗證管理
落實10類指定業別與規模之食品製造業衛生安全管理系統（GHP或HACCP）驗證，截至112年計581家取得驗證。
第三環：加強查驗
規劃執行邊境年度查驗計畫及食品後市場稽查專案，滾動式調整加強查驗品項，112年GHP稽查12萬9,341家次，品質抽驗4萬9,645件，其中市售國產、進口食品抽驗合格率分別為96.9%、98.6%。
第四環：加重惡意黑心廠商責任
112年各項稽查專案及例行性監測計畫，裁處違規業者共2,470.4萬元；一般稽查案件及會同檢警調稽查案件，共計27案，查有違規者均依法處辦。
第五環：全民監督食安
啟動1919全國食安專線，112年接獲食品檢舉及諮詢電話約4.3萬通。
日本輸臺食品措施執行情形
管制措施
持續以「三原則」（回歸科學檢驗、比國際標準更嚴格、為食安把關）及「三配套」（「禁止特定地區進口」改為「禁止特定品項進口」、針對具風險品項，要求提供雙證（輻射證明及產地證明）、福島等5縣食品於邊境逐批檢驗）等措施來維護民眾飲食安全。
邊境輻射檢測
自100年3月15日起至112年，日本食品檢驗輻射計22萬3,625批，檢驗結果均符合規定。
開放含萊克多巴胺美豬及美牛進口食安把關
清楚標示
自111年起，地方衛生機關配合食藥署規劃，針對食品販售業者、餐飲業者及製造業者進行牛肉、豬肉及其可食部位原料原產地標示稽查，查有原料原產地標示不符規定，均由所轄衛生局依法處辦。
逐批監視查驗
豬肉及可食部位邊境查驗結果，完成檢驗、檢疫及關務等程序並出關，112年豬肉5,270批，淨重9萬5,220.29公噸，豬肝、豬腎及豬其他可食部位1,606批，淨重2萬9,225.87公噸。
嚴格稽查
112年針對國內製造業、販售業及餐飲業等進行抽驗，其中豬肉產品計抽驗2,631件，均檢驗合格。
藥品、醫療器材及化粧品安全管理
為保障全民用藥及使用醫療器材之安全與健康，藥品上市前，須向中央衛生主管機關申請查驗登記，經評估藥品安全性、有效性及品質無虞後，始核准發予藥品許可證，讓藥品上市流通、廠商製造或輸入，上市後進行藥品安全性品質監控、評估及風險管控，嚴格把關新藥之品質、安全與有效性；醫療器材管理部分，積極推動各項改革措施，構築合理化與透明化的審查與管理法規環境，並加強生產流程之稽查與輔導，以及上市後安全監視、危害事件調查等業務。
健全製藥品質，強化用藥安全
推動藥品優良製造規範（GMP），取得GMP核備的國產西藥廠包括西藥製劑廠144家、物流廠26家、醫用氣體廠31家、原料藥廠29家（共320品項）及先導工廠9家；另有958家輸入藥品國外製造工廠通過PIC／S GMP檢查。繼藥廠PIC／S GMP制度推動後，逐步推動西藥優良運銷規範（GDP），取得GDP核備之藥廠及藥商共1,005家，確保藥品儲存與運輸時維持品質及完整性；截至112年醫療器材QMS／QSD製造許可共7,054件，國內製造廠1,445件、國外製造廠5,609件。
強化上市後藥品管理：112年完成48件監視期滿藥品安全性評估，有28項藥品要求廠商執行風險管控措施；接獲908件疑似品質瑕疵事件通報，其中22項藥品經評估啟動回收（包含廠商主動通報）；主動監控1,286則國外藥品品質警訊，並摘譯張貼36件相關警訊公布於食藥署網站「通報及安全監視專區」。112年主動監控國內外醫療器材警訊1,427件，並摘譯張貼118則國內受影響產品警訊於食藥署網站「通報及安全監視專區」。
加強管制藥品流向查核：112年實地稽核1萬1,999家次，違規者計346家次（2.9%）；辦理藥物濫用通報，112年醫療院所計通報1萬376件，較111年之1萬2,227件，減少15.1%。
修訂藥事相關法規
為精進國內藥事服務品質，並與國際接軌，於111年7月20日發布修正《藥品優良調劑作業準則》，並於112年7月20日正式施行，完善藥品調劑作業規範，保障病人用藥安全。
為健全我國藥品供應短缺通報暨後續評估處理機制，於112年11月1日公告修正《藥事法第二十七條之二必要藥品清單》，使必要藥品清單更符合臨床使用情形。
因應科技技術進步及後疫情新常態之發展，為兼顧國際臨床試驗發展趨勢及國內臨床試驗環境需求，於112年6月12日公告《藥品臨床試驗執行分散式措施指引》，使藥品臨床試驗執行分散式措施有所依循。
研擬及修訂醫療器材及化粧品相關法規
112年8月10日公告訂定《體外診斷醫療器材方法比較評估技術基準」及《凝血功能體外診斷試劑技術基準》，另於11月1日公告修正《人類乳突瘤病毒體外診斷醫療器材技術基準》及《流感病毒核酸體外診斷醫療器材技術基準》，提供明確審查規範，促進國內體外診斷醫療器材發展。
112年8月22日公告修正《醫療器材分類分級管理辦法》第七條及第四條附表，增／修訂醫療器材軟體（SaMD）之分類分級管理，更新醫用口罩應符合之標準等，接軌國際管理模式並符合國內管理現況。
112年9月14日公告修正《人工智慧／機器學習技術之電腦輔助偵測（CADe）及電腦輔助診斷（CADx）醫療器材查驗登記技術指引》，新增肺結節CT影像及糖尿病視網膜病變眼底影像CADe醫療器材軟體之技術審查重點案例，提供各界研發相關醫材之參考。
112年11月27日公告修正《醫療器材許可證核發與登錄及年度申報準則》部分條文及附表，增修許可證所有人得自行變更之項目及加強醫療器材登錄相關管理規定，並增列第二等級醫療器材得簡化審查之品項，完善醫療器材實務管理。