臺灣地區四面環海，海上運輸對臺灣經貿發展扮演重要的角色，目前計有基隆、臺北、臺中、安平、高雄、花蓮、蘇澳等7個國際商港及布袋、澎湖、金門、馬祖等4個國內商港，另有長榮、陽明、萬海等貨櫃航商及裕民、台航、中鋼運通等散雜貨航商，提供國際貨物運送服務，經營航線橫跨兩岸、亞洲近洋、中東印巴、紐澳、歐洲、美洲及非洲等區域。
國際貿易與海上運輸對臺灣經貿發展扮演極重要的角色。（圖/臺灣港務股份有限公司基隆港務分公司臺北港營運處提供）
營運現況
- 111年我國際商港貨櫃裝卸量總計1,469萬TEU（-4.9%），貨物裝卸量為7億1,827萬（-4.3%）計費噸。為發展第三運輸走廊，交通部依據《航業法》第4條規定，陸續同意長榮、陽明、萬海、羲澍實業、世邦、德翔、丹麥商MAERSK LINE A/S及海洋網聯公司（ONE）等國內、外主要航商以自有或營運之外輪辦理自有貨載環島轉運業務，貨櫃運輸由陸運改為海運方式運送，有效紓解「北櫃南運」或「南櫃北運」等陸上交通壅塞程度，更可大幅降低營運成本，提高航商營運績效。
- 國際郵輪市場板塊已逐漸從歐美地區往亞洲位移，臺灣位居東亞樞紐位置，觀光資源豐富，深具發展郵輪產業潛力，惟109年受各國新冠肺炎（COVID-19）疫情嚴峻影響，該年2月初禁止國際郵輪停靠我國港口，嗣因疫情趨緩，於111年10月24日解除前開郵輪禁令，並實施新的郵輪防疫指引，以兼顧防疫工作並促進我國郵輪產業復甦與發展。
- 為配合發展離島建設政策，交通部於90年起開辦「金門－廈門」及「馬祖－福州」間小三通業務，並依行政院院會「小三通正常化推動方案」政策，分別於97年9月30日公告指定馬祖福澳國內商港白沙港區，及97年10月15日公告指定澎湖馬公港為離島兩岸通航港口，復於104年12月24日開闢馬祖-黃岐航線，擴大「小三通」開放政策，延伸航線效益。配合我國新冠肺炎防治邊境管制措施，自109年2月10日起暫停小三通直航客運，隨著國內疫情穩定及兩岸邊境管制逐步開放，為協助金馬鄉親春節返鄉團圓，在疫情可控前提下，於111年12月22日實施「金馬地區民眾春節交通專案」，恢復實施金門、馬祖與大陸地區間之客運船舶往來，實施期間自112年1月7日至2月6日止。
海港自由貿易港區
臺灣地區目前有基隆、臺北、臺中、安平、高雄及蘇澳等6個海港自由貿易港區，至111年底計89家港區事業營運，受國際市場影響油品儲轉量減少，及高科技電子商品增加等因素，全年貿易值5,333.5億元（+43.9%），貿易量為431.6萬公噸（-37.1%）。
港埠建設
為持續推動港埠建設，強化商港國際競爭力，交通部依行政院110年10月12日核定之「國際商港未來發展及建設計畫（111-115年）」，投入381.66億元，持續辦理高雄港洲際貨櫃中心第二期工程、臺北港物流倉儲區圍堤造地工程、臺中港37、38碼頭興建及南填方區填築等重大港埠建設，並持續推動優質智慧港口環境，促進航港產業數位轉型，佈建港區智慧化基礎設備，以及落實港群減碳路徑與策略，以達國際商港永續經營之發展目標。