為引導大學關注教學現場，落實提升教學品質，維護學生平等受教權，並持續協助大學追求國際一流地位及發展卓越研究中心，教育部重新思考高教發展與資源分配因應對策，參酌各界意見研擬「高等教育深耕計畫」，以改善教學品質及提升學習成效為核心，並鼓勵各大學在此基礎上發展多元能量；對於以培養研究人才為重心的學校，亦將持續編列合理穩定的經費全力協助發展，共同提升高等教育價值，並非以「齊頭式」的平等方式解決高等教育資源稀釋的問題。
　　因此，教學、研究及人才培育均為各大學必須關注之重點，為使各大學依學生特質及學校定位，培育出適才適所之學生，並協助具國際競爭能量之學校及研究中心在既有基礎上持續提升，「高等教育深耕計畫」整體經費（共173.7億元/年）包含「全面性提升大學品質及促進高教多元發展」（113.7億元），及「協助大學追求國際一流地位及發展研究中心」（60億元，其中含科技部7億元），教育部亦將與相關部會積極合作，提供各大學更充足之發展能量。

 

　　此外，為延攬及留任優秀人才，學校可運用「高等教育深耕計畫」（第一部分）補助經費新聘專任教師，改善大學師資結構，另針對獲「國際競爭」及「研究中心」（第二部分）經費補助之學校或研究中心，為提高其延攬國際優秀人才之機會，學校也可以運用經費作為彈性薪資。教育部未來亦可朝薪資結構調整，落實公教研分流之方向努力，以利留才攬才之長期佈局。　　另為改善過去各類競爭性計畫績效指標過多過細衍生大學同質化問題，高等教育深耕計畫已減少固定量化之簡化指標數量並由大學依發展需求自行訂定，以落實大學多元發展的目標，並將責成大學投注適當比例之經費於與教學直接相關面向，使經費落實於教學現場。