針對台南縣、高雄縣質疑中央核定莫拉克災後重建工程補助款緩慢一事，行政院莫拉克颱風災後重建推動委員會副執行長陳振川今（8）日澄清表示，所有公路在風災發生後四個月內均在限期內提前搶通完成，部分縣府提報的交通及水利工程預算，因超出匡列預算甚多，經部會核復應在原匡列預算內辦理修正，縣府可先行辦理先期作業，如村里聯絡道路搶修工程，台南縣政府遲至98年10月7日才報請內政部審查，其作業較預定9月底前應報請核定業已延遲甚多。高雄縣政府分別於10月7日及10月29日始將2批資料提報內政部以致未能於9月底前全部核定完成。

陳副執行長說，為加強重建工作速度，各部會於特別預算未核定前已先行移緩濟急辦理各項工程，經統計截至98年11月27日，各部會有關基礎設施重建部分移緩濟急預算計約148.79億元，工程採購標案件數計1,151件，其中1,110件已開始規劃設計工作，佔目前標案件數96.44%，其中737件已完成發包，發包率64.03% 。

重建會表示，台南縣政府提報第1批復建工程7.17億元，核定5.69億元，第2批復建工程1.23億元，核定為1億元，合計提報8.40億元，核定6.69億元，核定比例為80％，高雄縣部分第1批復建工程1.28億元，核定0.98億元，第2批復建工程2.56億元，核定2.26億元，合計提報3.84億元，核定3.24億元，核定比例為84％。