民國93年10月20日陳前總統宣示限時限量完成金融機構整併，即一般所稱「二次金改」，97年5月20日政黨輪替後，「全面檢討二次金改，追查弊端」成為各界關注焦點，行政院劉院長兆玄爰於同（97）年8月19日核定成立「二次金改檢討小組」，並指派邱副院長正雄任召集人，朱政務委員雲鵬、財政部李部長述德、法務部王部長清峰、中央銀行彭總裁淮南、金管會陳主委樹（97年12月後由陳主委冲接任）及經建會陳主委添枝為小組成員進行檢討。

「二次金改檢討小組」係以財政部及金管會提出之檢討報告及其他相關資料為依據，就推動二次金改過程中較具爭議的個案中所涉及公股股權管理及金融併購監理法規進行通盤問題檢討，並提出「二次金改檢討報告」（以下簡稱本報告）。

一、 問題檢討
（一） 關於公股股權管理之檢討部分，財政部列舉彰銀辦理私募發行特別股案、兆豐金控95年度董監改選案、中華開發金控96年度董監改選及華南金控96年度董監改選案等四案。
（二） 關於金融併購監理法規之檢討部分，金管會列舉中華開發金控轉投資金鼎證券案、中信金控插旗轉投資兆豐金控案、台新金控轉投資彰化銀行之核准及財務監理案、中華開發金控經營權爭議案等四案。
（三） 以上問題檢討結果涉及：
1、「限時限量的不當手段易扭曲整併提升競爭力政策目的」（見本報告第25頁）；
2、「為配合限時限量政策易生急促不周延的行政行為」（見本報告第26頁）；
3、「公股管理及金融監理積極度不足，易生負面社會觀感」（見本報告第27-29頁）。
二、 改進方向
（一） 有關公股管理部分：
1、秉持「程序正義、實體合法」原則（見本報告第29頁）；
2、「因事制宜地推動整併或釋股」（見本報告第29頁）；
3、「強化公股金融機構之管理」（見本報告第29-30頁）；
（二） 有關金融監理部分：
1、「強化金融機構併購案件之審查」（見本報告第30頁）；
2、「防制不法併購手段」（見本報告第30頁）；
3、「建構公平、公正、透明化之金融併購平台」（見本報告第30頁）；
三、結論
「二次金改」推動過程中之所以引發各界質疑有圖利財團、賤賣國家財產等爭議，主要的關鍵是當時陳前總統在總統府經濟顧問小組會議中宣示「限時限量完成金融機構整併」，引發本報告的問題檢討中所指出行政部門為配合限時限量政策而產生急促不周延的行政行為，致有扭曲了整併提升競爭力政策目的之疑慮，且不乏相關爭議項目。前開疑慮包括「彰化銀行辦理私募發行特別股之招標過程」及「修正金控轉投資規定」兩項（見第26及27頁），以及在公股管理及金融監理積極度不足，包括「具公股的金控董監改選」、「公股股權管理迭遭輿論質疑」、「監理法規修正或解釋」、「財務結構監理」共四項（見第27至29頁）。當初具決策權之政務人員是否有曲意配合不當指示之情事，本報告將函送監察院及檢調單位作為繼續深入調查之參考，以早日釐清事實真相與責任。

有鑒於「二次金改」推動過程產生的爭議，未來新政府推動金融整併將尊重市場機制，不再限時限量，整併過程以公開透明方式進行，政府將依法行政。有關公股管理部分，將秉持「程序正義、實體合法」原則、「因事制宜地推動整併或釋股」及「強化公股金融機構之管理」，有關金融監理部分，將「強化金融機構併購案件之審查」、「防制不法併購手段」及「建構公平、公正、透明化之金融併購平台」，使類似「二次金改」可能產生的弊端不再發生。