行政院推動源頭分流管理，流向追蹤管制政策，阻絕非食用油脂流入食品供應鏈，自103年10月31日開始，針對輸入油脂實施複合輸入規定，在源頭分流管理部分，凡進口油脂報驗時，都須要申報用途，分別由衛福部、農委會及經濟部針對進口油脂的用途，依食品用、飼料用及工業用油脂(包括原料油脂)，執行邊境分流管理，廠商未取得任何主管機關的許可文件，不准報驗進口，嚴格邊境源頭管控。

行政院表示，輸入油脂當作食品用途者，應依食品安全衛生管理法，向衛福部食藥署申請查驗並申報資料。衛福部已對輸入食用油脂強化邊境查驗措施，包括暫停受理香港豬油之報驗；中、港、澳其他油脂須檢附官方衛生證明文件並逐批查驗(100%)；暫停受理自越南輸入牛、羊、豬油脂的報驗，其他食用油脂，則須檢附官方衛生證明文件，並逐批查驗；其他國家的動物性油脂採逐批查驗(100%)，植物性油脂及混合性油脂則加強抽批查驗(50%)。

非食用油品進口部分，飼料用油流向由農委會管制，工業用油流向經濟部管制，皆有清楚勾稽查核機制，絕無流向食用油的可能。輸入飼料油脂須取得農委會許可，輸入後並需按月申報流向，未按時申報者，其次月進口相關飼料產品則無法簽審通關。另自103年11月14日起，輸入飼料用油脂需向農委會委託的經濟部標準檢驗局申請辦理輸入查驗，查驗合格後始得輸入，以加強管控輸入飼料油脂之品質及衛生安全。

行政院指出，環保署對於廢食用油回收管制，規定工廠、飯店等大型業者應將廢食用油交付給合格清除機構並通報流向；至於攤商、小吃店在輔導期間，回收個體戶（小蜜蜂）仍可繼續向其收受廢食用油，但應明確交代回收的廢食用油交給合格清除機構或再利用機構，中央及地方環保機關也同步進行稽查。至於回收後的去化管道，臺灣中油公司也計畫將添加比率逐步提高至5%，預估104年可去化約7萬公噸廢食用油，此去化量遠高於國內每年廢食用油回收量(約5.4萬公噸)。

針對日前立委質詢我國從日本輸入油品，有和日方的出口統計數據資料兜不攏的疑慮，行政院表示，國際間雙邊貿易統計，進口國與出口國統計數據不一致情形必然存在。依據聯合國2010年版「國際商品貿易統計概念與定義」，貿易統計不一致原因，包括貨品稅則歸列不同、國別歸列方式不同、資料範圍不同、在中繼國家加值的程度不同、統計時間落差、經過第三國家轉運而產生國別認定不一致等因素。有關油脂進口後流向，自103年10月31日起政府已可確切掌控。

除此之外，此次黑心油品事件受影響的產品，需下架的問題產品，皆已公布且完成下架；近日所公布產品，為已過有效期限或已不在市場上流通，沒有下架問題，公布是為了消費者求償有道，行政院消保處已協調兩個優良消保團體消基會及台灣消保協會，最遲於本(11)月底為受害消費者提起團體訴訟。