為配合「行政院衛生署食品藥物管理局組織法」於本（98）年6月3日公布，將衛生署藥政處、食品衛生處、藥品食物檢驗局及管制藥品管理局整合，預定於99年1月1日成立「行政院衛生署食品藥物管理局」，行政院院會今（5）日通過「管制藥品管理條例」部分條文修正草案。
行政院長吳敦義特別指示衛生署充分向立法院朝野黨團及相關團體溝通說明此修正案，爭取共識，以期能順利完成立法。

「管制藥品管理條例」修正要點如次：
一、 配合管制藥品相關業務整合至食品藥物管理局，將「管制藥品管理局」修正為「食品藥物管理局」。
二、第一級、第二級管制藥品之輸入、輸出、製造及販賣，應由行政院衛生署食品藥物管理局之製藥工廠為之。另為提升製藥工廠之經營彈性與效能，增訂製藥工廠得以公司方式設置。
三、 授權行政機關以公告方式訂定之事項，其公告內容應刊登政府公報。
四、 該條例修正條文之施行日期，授權由行政院定之，以配合行政院衛生署藥物管理局組織法之施行日期。