中華民國95年2月27日行政院秘書處院臺檔字第0950083014號函訂定
中華民國98年4月30日行政院秘書處院臺檔字第0980085204號函修正
中華民國104年7月20日行政院秘書處院臺檔字第1040138961號函修正

• 申請應用行政院（以下簡稱本院）檔案，請至機關檔案目錄查詢網（https://near.archives.gov.tw/），查詢檔案名稱及檔號後，填具「行政院檔案應用申請書」，向本院提出。本院檔案之應用，以提供複製品為原則。但已釋明有使用原件必要，經審認合宜者，得提供檔案原件。
• 本院將於受理之日起三十日內完成審核，並以院函檢附「行政院檔案申請應用審核表」（以下簡稱通知書）通知申請人。但申請應用之要件或程式不備而得補正，經通知於七日內補正者，審核期限自申請人補正或期限屆滿之日重行起算。
• 經本院准予應用檔案者，申請人（或其代表人、管理人、代理人，以下簡稱應用者）應依通知書指定日期、時間，至本院指定處所依核准內容應用檔案。但應用者得洽經本院同意變更應用檔案之日期、時間。
• 應用者至本院指定處所應用檔案，應先繳驗通知書原本及備有本人照片之身分證明文件（由本院暫為保管，俟應用完畢繳費後歸還），並於檔案應用簽收單確認內容、頁數及件數後簽名。
• 應用者於本院指定處所應用檔案有下列行為之一者，本院將予制止、停止其應用及記錄之；其涉及刑事責任者，移送檢察機關偵辦：
  1. 添註、塗改、更換、抽取、圈點或污損檔案。
  2. 拆散已裝訂完成之檔案。
  3. 以其他方法破壞檔案或變更檔案內容。
  4. 將檔案攜出指定場所。
  5. 違反有關圖書閱覽之一般規定，例如喧嘩、飲食、破壞秩序或環境清潔等。
• 檔案之應用，如涉及著作權事項，由應用者自行處理。
• 檔案應用完畢，經本院承辦人員當場檢視、點收無誤者，將「行政院檔案應用簽收單」一聯交付應用者收執，並依「檔案閱覽抄錄複製收費標準」開立收據收取費用；未能於指定日期應用完畢者，得於檢視、點收檔案及收取費用後，由本院承辦人員另於檔案應用簽收單註記，再行擇日辦理。
• 經本院准予提供複製檔案郵寄服務者，應依通知書將費用匯入本院帳戶，本院於查核確認後寄發檔案複製品及收據。