為強化「食安五環」之源頭管理及查核檢驗，食品安全辦公室整合中央跨部會資源，強化機關橫向聯繫，建立系統性查核機制，結合源頭管理策略，選定重大民生必需及高風險食品，督導中央部會會同地方政府共同執行稽查工作，加強製造場所（含工廠）查核及產品抽樣，自103年10月食品安全辦公室成立迄今，已完成聯合稽查之行動類別及產品品項如下：
- 重大民生必需及一般消費性食品：油品、麵粉、鹽、蛋品、水果、早餐食材、預拌粉及澱粉、學校午餐。
- 風險較高食品：芽菜、生鮮截切蔬果及液蛋
- 其他重要食品：花茶及茶葉類手搖茶飲、包裝盛裝飲用水與加水站及其水源、夜市攤商及所使用原物料（含其源頭供應商查核）與食品相關廢棄物流向、冰塊製造業、兼售食品添加物之化工原料行等聯合稽查。另協調衛生、農業、環保機關加強年節前斃病死畜禽查緝及研商畜禽下腳料管理機制，為食品安全把關。
為加強食安查核管理，同時配合食安五環相關政策之推動，112-113年「食品安全聯合稽查專案小組」規劃執行跨部會聯合稽查專案。
112-113年國產茶相關稽查專案計畫
由農業部主辦於112年3-12月，以公開販售、生產製造日期為 112 年 1 月 1 日以後且產地標示為臺灣之完整包裝茶品為查核對象，並針對112年度春茶競賽活動，啟動該茶品之產地抽驗作業。另於113年則跨部會針對春節茶葉禮盒(品)價購產地標示為臺灣之茶品，辦理茶葉產地鑑別作業並確認標示。
112-113年進口蛋品(殼蛋、液蛋)業者聯合稽查專案計畫
由跨部會辦理於112年11月-113年1月，該專案可分為二階段，112年11月3日第一階段，邀集國內相關蛋品業者召開進口蛋品相關業者法規宣導說明會。112年11月6日-113年1月第二階段，以民間自行進口生鮮殼蛋與液蛋為查核對象，查核確認輸入蛋品之標示、用途及其販售對象等項目，並追蹤至改製為蛋加工品。另於113年2-6月則持續依前揭第二階段計畫內容辦理。
110-113年市售牡蠣產地標示聯合稽查專案計畫
110-111年專案分三階段實施，110年12月-111年1月第一階段，查核確認越南牡蠣之輸入業者產品標示，及調查國內牡蠣養殖漁民與牡蠣販運盤商資訊。111年3-5月第二階段，查核越南牡蠣輸入業者之下游業者清單，並由衛生及農政單位針對同時購入進口及國產牡蠣之中盤商聯合稽查。111年11-12月第三階段，查核越南牡蠣源頭供應端及下游餐廳端，以確認越南牡蠣供應鏈中之中間盤商後進行稽查。 112年5-6月，針對越南牡蠣輸入業者及其交貨下游業者進行稽查，以確認其牡蠣產品標示情形，並調查供應牡蠣餐點餐廳之現場(菜單)牡蠣食材原產地標示符合性及其上游牡蠣供應商資料。另於113年跨部會亦持續啟動市售牡蠣產地標示聯合稽查專案。
食品安全辦公室將持續推動食品安全聯合稽查工作，透過跨部會、跨領域的查核管理，完善從農場到餐桌的治理體系，維護民眾的飲食安全，邁向信任食安的消費環境。
