為強化「食安五環」之源頭管理及查核檢驗，食品安全辦公室整合中央跨部會資源，強化機關橫向聯繫，建立系統性查核機制，結合源頭管理策略，選定重大民生必需及高風險食品，督導中央部會會同地方政府共同執行稽查工作，加強製造場所（含工廠）查核及產品抽樣，自103年10月食品安全辦公室成立迄今，已完成聯合稽查之行動類別及產品品項如下：
- 重大民生必需及一般消費性食品：油品、麵粉、鹽、蛋品、水果、早餐食材、預拌粉及澱粉、學校午餐。
- 風險較高食品：芽菜、生鮮截切蔬果及液蛋
- 其他重要食品：花茶及茶葉類手搖茶飲、包裝盛裝飲用水與加水站及其水源、夜市攤商及所使用原物料（含其源頭供應商查核）與食品相關廢棄物流向、冰塊製造業、兼售食品添加物之化工原料行等聯合稽查。另協調衛生、農業、環保機關加強年節前斃病死畜禽查緝及研商畜禽下腳料管理機制，為食品安全把關。
為加強食安查核管理，同時配合食安五環相關政策之推動，近年「食品安全聯合稽查專案小組」持續規劃執行跨部會聯合稽查專案成果如下：
110-113年國產茶相關稽查專案計畫
自110年9月至113年12月採八階段實施聯合稽查，分別至量販超市、茶行、輸入茶葉下游業者及販售春節茶葉禮盒之商店等地點抽樣進行茶葉產地鑑別檢驗，累計2,400多件樣品，檢驗結果含有非臺灣茶卻標示為臺灣茶之案件，均已移送檢調單位查辦；113年國產茶產地鑑定合格率達96%，相較110年合格率82%，顯示於跨部會持續監控防範下，已有效嚇阻不法行為。另，農業部已公告「指定國產茶葉為應登錄溯源資訊之農產品及其應遵行事項」，自112年起產製之國產茶，依規定應登錄溯源資訊及於產品包裝張貼溯源標示，113年辦理國產茶溯源標示檢查1,157件，合格率92%。
112-113年進口蛋品(殼蛋、液蛋)業者聯合稽查專案計畫
自112年11月至113年6月，採先輔導後稽查方式，第一階段先邀集國內相關蛋品業者召開進口蛋品相關業者法規宣導說明會。第二階段以民間自行進口生鮮殼蛋與液蛋為查核對象，查核確認輸入蛋品之標示、用途及其販售對象等項目，並逐層追蹤至改製為蛋加工品。查核重點包含：保存來源文件、產品標示、國產原料雞蛋之溯源標示等。
110-114年市售牡蠣產地標示聯合稽查專案計畫
自110年12月至114年已邁入第七階段，110年12月-111年1月第一階段，查核確認越南牡蠣之輸入業者產品標示，及調查國內牡蠣養殖漁民與牡蠣販運盤商資訊。111年3-5月第二階段，查核越南牡蠣輸入業者之下游業者清單，並由衛生及農政單位針對同時購入進口及國產牡蠣之中盤商聯合稽查。111年11-12月第三階段，查核越南牡蠣源頭供應端及下游餐廳端，以確認越南牡蠣供應鏈中之中間盤商後進行稽查。 112年5-6月第四階段，針對越南牡蠣輸入業者查核產品標示，並調查供應牡蠣餐點餐廳之現場(菜單)牡蠣食材原產地標示符合性及其上游牡蠣供應商資料。112年至114年為第五至七階段，陸續擴大以秘密客方式價購市售牡蠣檢驗產地鑑別；又農業部113年10月16日公告將牡蠣販運商納入溯源管理，114年食安辦將推動跨部會合作輔導產業，以完善國產牡蠣溯源管理。
另因應近期食安事件，114年另新增「具著色用途之食安風險疑慮毒性化學物質運作業者」聯合稽查專案，由環境部與衛福部合作執行，以擴大防堵具食安風險疑慮之色素流入或誤用於食品鏈。
食品安全辦公室將持續推動食品安全聯合稽查工作，透過跨部會、跨領域的查核管理，完善從農場到餐桌的治理體系，維護民眾的飲食安全，邁向信任食安的消費環境。
