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行政院所屬中央二級機關

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配合組織改造法案立法進度，並兼顧法制完備性、施政穩健度及堅實組改配套作業等因素，各新機關啟動時程如下：
1. 行政院院本部及法務部、客家委員會、中央銀行、國立故宮博物院、中央選舉委員會等5機關於101年1月1日施行。
2. 行政院主計總處、行政院人事行政總處、公平交易委員會等3個機關於101年2月6日施行。
3. 文化部於101年5月20日施行。
4. 金融監督管理委員會於101年7月1日施行。
5. 國家通訊傳播委員會於101年8月1日施行。
6. 外交部、僑務委員會於101年9月1日施行。
7. 國防部、財政部及教育部於102年1月1日施行。
8. 衛生福利部於102年7月23日施行。
9. 國軍退除役官兵輔導委員會於102年11月1日施行。
10. 國家發展委員會於103年1月22日施行。
11. 勞動部於103年2月17日施行。
12. 科技部於103年3月3日施行。
13. 原住民族委員會於103年3月26日施行。
14. 海洋委員會於107年4月28日施行。
15. 促進轉型正義委員會於107年5月31日施行。
16. 大陸委員會於107年7月2日施行。
17. 科技部於111年7月27日調整為國家科學及技術委員會。
18. 數位發展部於111年8月27日施行。
未來除配合立法院分批完成立法，依立法進程陸續施行外，本院仍將積極協調立法院儘速完成各項新機關組織法案的立法作業，於籌備妥當後陸續於101年1月1日以後啟動。目前本院所屬中央二級機關如下：

行政院組織圖，目前行政院所屬中央二級機關有內政部、外交部、國防部、財政部、教育部、法務部、經濟部、交通部、勞動部、行政院農業委員會、衛生福利部、行政院環境保護署、文化部、國家科學及技術委員會、國家發展委員會、行政院大陸委員會、金融監督管理委員會、行政院海岸巡防署、僑務委員會、國軍退除役官兵輔導委員會、原住民族委員會、客家委員會、行政院公共工程委員會、行政院主計總處、行政院人事行政總處、中央銀行、國立故宮博物院、行政院原子能委員會、中央選舉委員會、公平交易委員會、國家通訊傳播委員會、促進轉型正義委員會。