依憲法第61條規定：『行政院之組織，以法律定之』。
行政院組織法，於民國36年3月31日公布，於民國37年5月25日施行，並先後於民國36年4月22日、36年12月25日、37年5月13日、38年3月21日、41年11月20日、69年6月29日、99年2月3日等經過7次修正。本法於36年制定時設14部3會，38年3月21日修正為8部2會1處，其基本架構雖沿用至今，但實際上為因應政務需要，已陸續增設二十餘個部會機關，99年2月3日修正為14部8會3獨立機關1行1院及2個總處（共29個機關），於101年1月1日開始施行。（詳見下表）
行政院組織法制定及修正經過一覽
設置部會
- 14部：
內政部、外交部、國防部、財政部、教育部、司法行政部、農林部、工商部、交通部、郵電部、勞動部、水利部、地政部、衛生部
- 3會：
資源委員會、蒙藏委員會、僑務委員會
備考
- 36年3月31日國民政府令制定公布行政院組織法，但並未施行。
- 各部會首長均為政務委員，另置不管部會之政務委員5至7人。
- 院本部設秘書處、訴願審議委員會、會計處、統計室、人事室。
設置部會
- 15部：
內政部、外交部、國防部、財政部、經濟部、教育部、交通部、郵電部、農林部、社會部、糧食部、水利部、司法行政部、地政部、衛生部
- 3會：
資源委員會、蒙藏委員會、僑務委員會
- 1局：
新聞局
備考
- 36年4月22日國民政府令修正公布。
- 修正內容：
- 「工商部」易名為「經濟部」。
- 裁撤「勞動部」。
- 增設「社會部」、「糧食部」。
- 增設「新聞局」。
- 院本部增設「法規委員會」。
設置部會
- 14部：
內政部、外交部、國防部、財政部、教育部、司法行政部、農林部、工商部、交通部、社會部、水利部、地政部、衛生部、糧食部
- 3會：
資源委員會、蒙藏委員會、僑務委員會
- 1處：
主計處
- 1局：
新聞局
備考
- 36年12月25日國民政府令修正公布，並於37年5月25日施行。（按：中華民國憲法於36年12月25日施行）
- 修正內容：
- 裁撤「郵電部」。
- 「經濟部」易名為「工商部」。
- 增設「主計處」。
設置部會
- 15部：
內政部、外交部、國防部、財政部、教育部、司法行政部、農林部、工商部、交通部、社會部、水利部、地政部、衛生部、糧食部、主計部
- 3會：
資源委員會、蒙藏委員會、僑務委員會
- 1局：
新聞局
備考
- 37年5月13日國民政府令修正公布。
- 修正內容：
- 「主計處」改為「主計部」。
- 院本部會計處改為會計室。
設置部會
- 8部：
內政部、外交部、國防部、財政部、教育部、司法行政部、經濟部、交通部
- 2會：
蒙藏委員會、僑務委員會
- 1處：
主計處
備考
- 38年3月21日總統令修正公布。
- 修正內容：
- 「社會部」、「地政部」、「衛生部」併入「內政部」。
- 「糧食部」併入「財政部」。
- 「農林部」、「工商部」、「水利部」及「資源委員會」併為「經濟部」。
- 裁撤「新聞局」。
- 裁撤「主計部」改設「主計處」。
設置部會
- 8部：
內政部、外交部、國防部、財政部、教育部、司法行政部、經濟部、交通部
- 2會：
蒙藏委員會、僑務委員會
- 1處：
主計處
- 1局：
新聞局
備考
- 41年11月20日總統令修正公布。
- 修正內容：增設新聞局（由39年4月19日行政院第126次會議決議增設之政府發言人辦公室擴大）。
設置部會
- 8部：
內政部、外交部、國防部、財政部、教育部、法務部、經濟部、交通部
- 2會：
蒙藏委員會、僑務委員會
- 1處：
主計處
- 1局：
新聞局
備考
- 69年6月29日總統令修正公布。
- 修正內容：「司法行政部」易名為「法務部」。
設置部會
- 14部：
內政部、外交部、國防部、財政部、教育部、法務部、經濟及能源部、交通及建設部、勞動部、農業部、衛生福利部、環境資源部、文化部、科技部
- 8會：
國家發展委員會、大陸委員會、金融監督管理委員會、海洋委員會、僑務委員會、國軍退除役官兵輔導委員會、原住民族委員會、客家委員會
- 3獨立機關：
中央選舉委員會、公平交易委員會、國家通訊傳播委員會
- 1行：
中央銀行
- 1院：
國立故宮博物院
- 2個總處：
行政院主計總處 行政院人事行政總處
備考
- 99年2月3日總統令修正公布，並於101年1月1日開始施行（新部會名稱，尚需配合各組織法之修正施行）。
- 修正內容：
- 明定行政院下設之部及委員會。（修正條文第三、四條）
- 增強「傳統八部」核心職能：設內政部、外交部、國防部、財政部、教育部、法務部、經濟及能源部、交通及建設部。
- 因應新興業務需求，新增六部：設勞動部、農業部、衛生福利部、環境資源部、文化部、科技部。
- 強化「八會」政策協調統合能力：設國家發展委員會、大陸委員會、金融監督管理委員會、海洋委員會、僑務委員會、國軍退除役官兵輔導委員會、原住民族委員會、客家委員會。
- 行政院因應性質特殊業務，設附屬之機關（構）。（修正條文第六條至第八條）
- 為襄助院長落實預算及會計管理、公務人力政策及管理，於行政院下設行政院主計總處及行政院人事行政總處。
- 因應性質特殊業務，行政院設中央銀行及國立故宮博物院。
- 明定行政院設獨立機關（修正條文第九條）：設中央選舉委員會、公平交易委員會、國家通訊傳播委員會
- 提升「行政院院本部」政策規劃量能，重新檢討「行政院院本部」組織設計：（修正條文第五條、第十二條）
- 為因應政務需要，強化行政院政策協調、統合功能，將政務委員人數由現制五人至七人修正為七人至九人。
- 鑑於行政院政務日趨繁重，行政院副秘書長由現制一人修正為二人，其中一人職務比照簡任第十四職等，襄助秘書長處理行政院幕僚事務；另明定行政院置發言人，為政務職務，處理新聞發布及聯繫事項。
設置部會
- 14部：
內政部、外交部、國防部、財政部、教育部、法務部、經濟及能源部、交通及建設部、勞動部、農業部、衛生福利部、環境資源部、文化部、數位發展部
- 9會：
國家發展委員會、國家科學及技術委員會、大陸委員會、金融監督管理委員會、海洋委員會、僑務委員會、國軍退除役官兵輔導委員會、原住民族委員會、客家委員會
- 3獨立機關：
中央選舉委員會、公平交易委員會、國家通訊傳播委員會
- 1行：
中央銀行
- 1院：
國立故宮博物院
- 2個總處：
行政院主計總處、行政院人事行政總處
備考
- 111年1月19日總統令修正公布第3、4、15條條文，行政院定自111年7月27日施行。(新部會名稱，尚需配合各組織法之修正施行)
- 修正內容：
增設數位發展部，並將科技部調整為國家科學及技術委員會。
設置部會
- 14部：
內政部、外交部、國防部、財政部、教育部、法務部、經濟部、交通部、勞動部、農業部、衛生福利部、環境部、文化部、數位發展部
- 9會：
國家發展委員會、國家科學及技術委員會、大陸委員會、金融監督管理委員會、海洋委員會、僑務委員會、國軍退除役官兵輔導委員會、原住民族委員會、客家委員會
- 3獨立機關：
中央選舉委員會、公平交易委員會、國家通訊傳播委員會
- 1行：
中央銀行
- 1院：
國立故宮博物院
- 2個總處：
行政院主計總處、行政院人事行政總處
備考
- 112年4月26日總統令修正公布第3條條文，行政院定自112年8月1日施行。(新部會名稱，尚需配合各組織法之修正施行)
- 修正內容：
經濟及能源部調整為經濟部、交通及建設部調整為交通部、環境資源部調整為環境部。