「產業創新合作旗艦計畫」是將政府現正推動「5+2」產業創新中之「亞洲．矽谷」、智慧機械、綠能科技為核心，與新南向工作作連結，再加上營造亞太產業供應鏈夥伴關係、推動系統整合輸出、提供中小企業協助及推廣我國及產業形象，以「四大創新領域、三大具體作法」為策略主軸，希望在推動「5+2」產業創新計畫的同時，亦能深化與新南向國家的產業鏈結，共同開發新南向市場，落實臺灣與新南向國家互利共贏的合作夥伴關係，達成「深化產業鏈結」、「開發南向市場」兩大戰略目標。

「四大創新領域」即營造亞太產業供應鏈—夥伴關係、推動「亞洲．矽谷」新南向交流合作、智慧機械—打造區域產業鏈、綠能科技—共建綠色新亞洲4個部分，核心概念聚焦於「深化產業鏈結」，旨在強化臺灣與新南向國家的雙向互動，發展緊密的產業合作關係。因此，依據新南向國家不同的產業特性，配合我國具競爭力之優勢產業，因地制宜的與各國發展互利互惠的合作關係。一方面促進臺灣與新南向國家的技術、資金與人才交流，引進創新能量；另一方面則以新南向國家為試驗場域，輸出臺灣優勢產業與產品，藉此協助推動臺灣產業升級。希冀臺灣與新南向國家在「亞洲．矽谷」、智慧機械、綠能科技相輔相成、共同發展，攜手打造亞太產業供應鏈，建立長期的合作夥伴關係。

「三大具體作法」則是將新南向國家視為我國內需市場的延伸，關注當地民眾的需要，達成「開發南向市場」的核心思維。因此，必須依據當地市場需求規劃與新南向國家合作共同開發市場，如太陽能、智慧城市、綠色運輸等產業創新與系統整合產業，以及物聯網、餐飲業、食品及餐廚具之製造業及其上下游價值鏈業者等領域。更重要的是，要在新南向國家行銷臺灣整體國家形象，使新南向國家對臺灣有更多的了解，使當地人民對臺灣的產品、服務、企業皆產生信任感與依賴感。爰此，本旗艦計畫提出系統整合—整廠整案輸出、中小企業新南向—建構合作網絡、臺灣形象—創新行銷推廣等「三大具體作法」以開發新南向國家市場。

「新南向產業創新合作旗艦計畫」從新南向政策與「5+2」產業創新計畫出發，內以創新驅動、產業升級為核心，外以多元出口和延伸內需市場作為雙引擎，透過「四大創新領域」及「三大具體作法」，掌握新南向國家龐大的消費市場潛力及對創新創意產業之需求，在確保臺灣經濟發展與競爭力的同時，深化與新南向國家的產業鏈合作關係，透過雙方在產業創新供應鏈上的新定位，找到經濟新動能並共同開發市場，強化雙方的雙向合作，營造長遠互惠的夥伴關係，與新南向國家建立經濟共贏模式。